Фонд кыргызской, русской и славянской филологии состоит из учебной, научной и справочной литературы по языкознанию и литературоведению кыргызского, русского и славянского языков.
Фонд основного книгохранения включаетпервые (красные) экземпляры книг, поступающие в Научную библиотеку университета.
Фонд художественной литературы включает художественнуюклассическую и современную литературу отечественных и зарубежных писателей народов мира.
Фонд естественнонаучной литературы состоит из учебной, научной и справочной литературы по математике, физике, биологии, химии, экологии, концепции современного естествознания, компьютерным технологиям и др.
Фонд экономической литературы состоит из учебной, научной и справочной литературы по экономической теории, микро- и макро –экономике, менеджменту и маркетингу в бизнесе, банковском деле, финансовой и кредитной сфере и др.
Фонд иностранной литературы состоит из учебников, научной и справочной по английскому, немецкому, французскому, испанскому и др. языкам.
Фонд литературы по истории, праву и государственной службе включает учебную, научную и справочную литературу по древней и современной истории Кыргызстана и других стран, по праву, законодательству и юриспруденции, государственному управлению и местному самоуправлению и др.
Фонд социально-гуманитарной литературы состоит из учебной, научной и справочной литературы по философии, социологии, политологии, педагогики, психологии, религиоведению, эстетике, логике и др.
Фонд докторских и кандидатских авторефератов и диссертаций состоит из научных трудов ученых ближнего зарубежья и Кыргызстана, представленных с 1957 г. и по настоящее время.
Фонд редких и ценных книг насчитывает более 20 тысяч единиц хранения. Огромную ценность представляют собой такие издания как: «Часовник», «Кормчая» и «Святцы» — уникальные произведения русского печатного слова 17 в, а также «Общий церковно-славяно-российский словарь» Российской Академии (1834г.) и 81 том «Энциклопедический словарь» Брокгауза и Ефрона (1900-1907гг.).
В фонде библиотеки имеются такие редкие издания как: «Очдапоп» Аристотеля (1592г.), «Oratiorum» Цицерона (1695 г.), «Начальная основания естественной истории, содержание царство животных, произведений и ископаемых» (1791 г.), «Исследования о природе и причина богатство народов» А.Смита (1866 г.), «Всеобщая история» Г. Вебера (1887 г.), «Происхождение человека и естественный отбор» Ч. Дарвина (1871г.) и др.
Половина всего фонда литературно – художественные, научно – популярные журналы и издания 16-17 вв. и дореволюционные периодические издания научных организаций: «Вехи» «Вестник Воспитание», «Вестник Европы», «Русское богатство», «Отечественные записки».
Восхищение вызывает 50 миниатюрных изданий — стихи русских и советских поэтов (Пушкина А.С., Асеева Н., Ерошина И. и др.), эссе и публицистические заметки (Дурова Н. «Зимний соловей», Почтовик П. «Споря с фолиантами», «Песни борьбы и свободы» и др.), серии «Художественные коллекции пермских музеев» и «Миниатюрные книги СССР: библиографический указатель».
Сокровищницей и гордостью библиотеки является бесценный фонд изданий из личных коллекций ведущих ученых республики. Например, выдающимися академиками К.К. Юдахиным и Б.М. Юнусалиевым были переданы в дар 4 376 экземпляров рукописей, статей, научной по кыргызской и тюркской лексикологии, диалектологии, фонетике, морфологии, синтаксису и манасоведению. Из них 75 экз. составляют произведения первых кыргызских писателей, кыргызские малые эпосы и отрывки из эпоса «Манас и произведения писателей народов мира изданные на кыргызском языке латинским шрифтом.
В последние годы, профессорами КНУ Адыловым С., Айтмырзаевым Т., Бектургановым К., Быковым Л., Дыйкановым К., Иманалиевым К., Табышалиевым С. и др., были подарены книги и труды по истории, кыргызской филологии, математике, социологии, химии, физике.
Фонд Библиотеки Дома ООН насчитывает более 7 300 наименований публикаций, охватывающих вопросы деятельности специализированных агентств ООН и их программ, справочные материалы, демографические исследования, статистическая информация и другие документы.